From 8b2eb91e8106aafb9973901f37df6d5a7baf6ab3 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Norihiro Watanabe <norihiro.watanabe@ufz.de>
Date: Wed, 29 Jun 2016 06:30:05 +0200
Subject: [PATCH] remove support of EigenXd as global matrix and vector types
---
MathLib/LinAlg/LinAlg.cpp | 48 ----------------
MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.cpp | 53 -----------------
MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.h | 13 -----
MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.cpp | 76 ++-----------------------
MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.h | 33 +----------
5 files changed, 8 insertions(+), 215 deletions(-)
diff --git a/MathLib/LinAlg/LinAlg.cpp b/MathLib/LinAlg/LinAlg.cpp
index 08527728ddc..b095e0f6aa0 100644
--- a/MathLib/LinAlg/LinAlg.cpp
+++ b/MathLib/LinAlg/LinAlg.cpp
@@ -11,54 +11,6 @@
// TODO reorder LinAlg function signatures?
-// Dense Eigen matrices and vectors ////////////////////////////////////////
-#ifdef OGS_USE_EIGEN
-
-#include <Eigen/Core>
-
-namespace MathLib
-{
-namespace LinAlg
-{
-
-// Explicit specialization
-// Computes w = x/y componentwise.
-template<>
-void componentwiseDivide(Eigen::VectorXd& w,
- Eigen::VectorXd const& x, Eigen::VectorXd const& y)
-{
- w.noalias() = x.cwiseQuotient(y);
-}
-
-// Explicit specialization
-// Computes the Manhattan norm of x
-template<>
-double norm1(Eigen::VectorXd const& x)
-{
- return x.lpNorm<1>();
-}
-
-// Explicit specialization
-// Computes the Euclidean norm of x
-template<>
-double norm2(Eigen::VectorXd const& x)
-{
- return x.norm();
-}
-
-// Explicit specialization
-// Computes the Maximum norm of x
-template<>
-double normMax(Eigen::VectorXd const& x)
-{
- return x.lpNorm<Eigen::Infinity>();
-}
-
-} } // namespaces
-
-#endif
-
-
// Global PETScMatrix/PETScVector //////////////////////////////////////////
#ifdef USE_PETSC
diff --git a/MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.cpp b/MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.cpp
index 0177e5bb2d1..add63a4525a 100644
--- a/MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.cpp
+++ b/MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.cpp
@@ -10,59 +10,6 @@
#include "MatrixVectorTraits.h"
#include "MatrixSpecifications.h"
-#ifdef OGS_USE_EIGEN
-
-namespace MathLib
-{
-
-std::unique_ptr<Eigen::MatrixXd>
-MatrixVectorTraits<Eigen::MatrixXd>::
-newInstance()
-{
- return std::unique_ptr<Eigen::MatrixXd>(new Eigen::MatrixXd);
-}
-
-std::unique_ptr<Eigen::MatrixXd>
-MatrixVectorTraits<Eigen::MatrixXd>::
-newInstance(Eigen::MatrixXd const& A)
-{
- return std::unique_ptr<Eigen::MatrixXd>(new Eigen::MatrixXd(A));
-}
-
-std::unique_ptr<Eigen::MatrixXd>
-MatrixVectorTraits<Eigen::MatrixXd>::
-newInstance(MatrixSpecifications const& spec)
-{
- return std::unique_ptr<Eigen::MatrixXd>(
- new Eigen::MatrixXd(spec.nrows, spec.ncols));
-}
-
-std::unique_ptr<Eigen::VectorXd>
-MatrixVectorTraits<Eigen::VectorXd>::
-newInstance()
-{
- return std::unique_ptr<Eigen::VectorXd>(new Eigen::VectorXd);
-}
-
-std::unique_ptr<Eigen::VectorXd>
-MatrixVectorTraits<Eigen::VectorXd>::
-newInstance(Eigen::VectorXd const& A)
-{
- return std::unique_ptr<Eigen::VectorXd>(new Eigen::VectorXd(A));
-}
-
-std::unique_ptr<Eigen::VectorXd>
-MatrixVectorTraits<Eigen::VectorXd>::
-newInstance(MatrixSpecifications const& spec)
-{
- return std::unique_ptr<Eigen::VectorXd>(new Eigen::VectorXd(spec.nrows));
-}
-
-} // namespace MathLib
-
-#endif // OGS_USE_EIGEN
-
-
#ifdef USE_PETSC
#include "MeshLib/NodePartitionedMesh.h"
diff --git a/MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.h b/MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.h
index c246bdc1248..abfeb9c7cb5 100644
--- a/MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.h
+++ b/MathLib/LinAlg/MatrixVectorTraits.h
@@ -29,19 +29,6 @@ struct MatrixSpecifications;
};
-#ifdef OGS_USE_EIGEN
-
-#include<Eigen/Core>
-
-namespace MathLib
-{
-SPECIALIZE_MATRIX_VECTOR_TRAITS(Eigen::MatrixXd, Eigen::MatrixXd::Index)
-SPECIALIZE_MATRIX_VECTOR_TRAITS(Eigen::VectorXd, Eigen::VectorXd::Index)
-}
-
-#endif
-
-
#ifdef USE_PETSC
#include "MathLib/LinAlg/PETSc/PETScMatrix.h"
diff --git a/MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.cpp b/MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.cpp
index 447d27b04d9..7e4235d1d32 100644
--- a/MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.cpp
+++ b/MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.cpp
@@ -10,74 +10,6 @@
#include <cassert>
#include "UnifiedMatrixSetters.h"
-#ifdef OGS_USE_EIGEN
-
-// Dense Eigen matrix/vector //////////////////////////////////////////
-
-namespace MathLib
-{
-
-void setMatrix(Eigen::MatrixXd& m,
- std::initializer_list<double> values)
-{
- using IndexType = Eigen::MatrixXd::Index;
-
- auto const rows = m.rows();
- auto const cols = m.cols();
-
- assert((IndexType) values.size() == rows*cols);
-
- auto it = values.begin();
- for (IndexType r=0; r<rows; ++r) {
- for (IndexType c=0; c<cols; ++c) {
- m(r, c) = *(it++);
- }
- }
-}
-
-void setMatrix(Eigen::MatrixXd& m, Eigen::MatrixXd const& tmp)
-{
- m = tmp;
-}
-
-void addToMatrix(Eigen::MatrixXd& m,
- std::initializer_list<double> values)
-{
- using IndexType = Eigen::MatrixXd::Index;
-
- auto const rows = m.rows();
- auto const cols = m.cols();
-
- assert((IndexType) values.size() == rows*cols);
-
- auto it = values.begin();
- for (IndexType r=0; r<rows; ++r) {
- for (IndexType c=0; c<cols; ++c) {
- m(r, c) += *(it++);
- }
- }
-}
-
-double norm(Eigen::VectorXd const& x) { return x.norm(); }
-
-void setVector(Eigen::VectorXd& v, std::initializer_list<double> values)
-{
- assert((std::size_t) v.size() == values.size());
- auto it = values.begin();
- for (std::size_t i=0; i<values.size(); ++i) v[i] = *(it++);
-}
-
-void setVector(Eigen::VectorXd& v, MatrixVectorTraits<Eigen::VectorXd>::Index const index,
- double const value)
-{
- v[index] = value;
-}
-
-} // namespace MathLib
-
-#endif // OGS_USE_EIGEN
-
-
#ifdef USE_PETSC
// Global PETScMatrix/PETScVector //////////////////////////////////////////
@@ -198,10 +130,14 @@ void addToMatrix(PETScMatrix& m,
namespace MathLib
{
-void setVector(EigenVector& v,
+void setVector(EigenVector& v_,
std::initializer_list<double> values)
{
- setVector(v.getRawVector(), values);
+ auto& v(v_.getRawVector());
+ assert((std::size_t)v.size() == values.size());
+ auto it = values.begin();
+ for (std::size_t i = 0; i < values.size(); ++i)
+ v[i] = *(it++);
}
void setVector(EigenVector& v, MatrixVectorTraits<EigenVector>::Index const index,
diff --git a/MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.h b/MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.h
index d7402b25139..2d47a86893c 100644
--- a/MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.h
+++ b/MathLib/LinAlg/UnifiedMatrixSetters.h
@@ -15,43 +15,14 @@
#include <initializer_list>
#include "MatrixVectorTraits.h"
-#ifdef OGS_USE_EIGEN
-
-// Dense Eigen matrix/vector //////////////////////////////////////////
-
-#include <Eigen/Core>
-
-namespace MathLib
-{
-
-void setMatrix(Eigen::MatrixXd& m,
- std::initializer_list<double> values);
-
-void setMatrix(Eigen::MatrixXd& m, Eigen::MatrixXd const& tmp);
-
-void addToMatrix(Eigen::MatrixXd& m,
- std::initializer_list<double> values);
-
-double norm(Eigen::VectorXd const& x);
-
-void setVector(Eigen::VectorXd& v, std::initializer_list<double> values);
-
-void setVector(Eigen::VectorXd& v, MatrixVectorTraits<Eigen::VectorXd>::Index const index,
- double const value);
-
-} // namespace MathLib
-
-#endif // OGS_USE_EIGEN
-
-
#ifdef USE_PETSC
// Global PETScMatrix/PETScVector //////////////////////////////////////////
+#include "PETSc/PETScVector.h"
namespace MathLib
{
-class PETScVector;
class PETScMatrix;
double norm(PETScVector const& x);
@@ -76,11 +47,11 @@ void setMatrix(PETScMatrix& m,
#elif defined(OGS_USE_EIGEN)
// Sparse global EigenMatrix/EigenVector //////////////////////////////////////////
+#include "Eigen/EigenVector.h"
namespace MathLib
{
-class EigenVector;
class EigenMatrix;
void setVector(EigenVector& v,
--
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